R에서 피셔의 정확검정 하는 방법

피셔의 정확검정은 기대빈도가 5 미만인 셀이 20%가 넘을 경우에 카이제곱검정 대신 수행하는 검정입니다. 

 

아래 예시를 봅시다. 

 

폐암환자 10명과 폐암이 아닌 사람 10명을 대상으로 흡연여부를 조사했습니다 .

 

	폐암	비폐암	합계
흡연	3	9	12
비흡연	7	1	8
합계	10	10	20

 

기대빈도는 아래와 같이 계산됩니다. 합계빈도의 비율인 12:8을 각 열에 반영한 것입니다. 

 

	폐암	비폐암	합계
흡연	6	6	12
비흡연	4	4	8
합계	10	10	20

 

기대빈도가 5 미만인 셀이 전체 셀의 절반인 50% 입니다. 따라서 20%가 넘기 때문에 카이제곱검정이 아닌 피셔의 정확검정을 수행해야 합니다. 

 

먼저 데이터를 만들겠습니다. 

 

> r1=c(3,9)
> r2=c(7,1)
> data=rbind(r1,r2)
> data
   [,1] [,2]
r1    3    9
r2    7    1

 

피셔의 정확검정은 fisher.test 함수를 사용합니다. 

 

> fisher.test(data)

	Fisher's Exact Test for Count Data

data:  data
p-value = 0.01977
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
95 percent confidence interval:
 0.0009621944 0.7209145117
sample estimates:
odds ratio 
0.05788421