R 카이제곱검정,피셔정확검정,오즈비,오즈비신뢰구간 한번에 구하기

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환자-대조군 연구 : 폐암환자 100명과 폐암이 아닌 사람 100명을 대상으로 지난 10년 동안 흡연 여부를 조사함. 

	폐암	비폐암	합계
흡연	30	10	40
비흡연	70	90	160
합계	100	100	200

위 예제를 이용할 것입니다. 굉장히 유용한 패키지가 있어서 사용하겠습니다. 아래 결과들을 한번에 출력해줍니다.

카이제곱검정
피셔정확검정
오즈비

오즈비신뢰구간

먼저 패키지를 설치합시다.

install.packages("epitools")

아래와 같이 코딩합니다. oddsratio.wald 함수를 사용합니다. riskratio.wald를 사용하면 오즈비 대신 위험비를 계산해줍니다.

library(epitools)
r1=c(30,10)
r2=c(70,90)
data=rbind(r1,r2)
oddsratio.wald(data)

결과는 아래와 같습니다.

> oddsratio.wald(data)
$data
      col1 col2 Total
r1      30   10    40
r2      70   90   160
Total  100  100   200

$measure
                        NA
odds ratio with 95% C.I. estimate    lower   upper
                      r1 1.000000       NA      NA
                      r2 3.857143 1.766603 8.42156

$p.value
         NA
two-sided   midp.exact fisher.exact  chi.square
       r1           NA           NA          NA
       r2 0.0004024082 0.0006504107 0.000406952

$correction
[1] FALSE

attr(,"method")
[1] "Unconditional MLE & normal approximation (Wald) CI"