[R] 카이제곱검정의 사후검정 (+피셔정확검정의 사후검정)

먼저 rcompanion 패키지를 설치합니다. 해당 라이브러리 안에 있는 데이터와 함수를 이용할 것이기 때문입니다. 

install.packages("rcompanion")

설치한 패키지를 불러옵니다. 

library(rcompanion)

사용할 데이터는 아래와 같습니다. 

> data(Anderson)
> Anderson
            Pass Fail
Bloom         21    5
Cobblestone    6   11
Dougal         7    8
Heimlich      27    5

사후검정은 pairwiseNominalIndependence 함수를 사용합니다. 

> pairwiseNominalIndependence(Anderson,chisq  = TRUE,method="bonferroni")
              Comparison p.Fisher p.adj.Fisher  p.Gtest p.adj.Gtest p.Chisq p.adj.Chisq
1       Heimlich : Bloom 0.740000      1.00000 0.718000     1.00000 0.99000     1.00000
2      Heimlich : Dougal 0.013100      0.07860 0.008300     0.04980 0.01910     0.11500
3 Heimlich : Cobblestone 0.000994      0.00596 0.000506     0.00304 0.00154     0.00924
4         Bloom : Dougal 0.037600      0.22600 0.024800     0.14900 0.05590     0.33500
5    Bloom : Cobblestone 0.003960      0.02380 0.002380     0.01430 0.00707     0.04240
6   Dougal : Cobblestone 0.720000      1.00000 0.513000     1.00000 0.77000     1.00000
경고메시지(들): 
1: In chisq.test(Dataz, ...) : Chi-squared approximation may be incorrect
2: In chisq.test(Dataz, ...) : Chi-squared approximation may be incorrect
3: In chisq.test(Dataz, ...) : Chi-squared approximation may be incorrect

 

카이제곱검정으로 할 경우 정확하지 않다고 뜹니다. 이 경우는 피셔의 정확검정결과를 사용해야 합니다.

 

method는 아래 종류를 선택 가능합니다. 

 

"holm", "hochberg", "hommel", "bonferroni", "BH", "BY", "fdr"